A propos du secret de confession, Mgr Marc Aillet, évêque de Bayonne, déclare dans L’Incorrect :
On est dans un ordre qui est au-delà du secret professionnel, que le droit permet de lever dans certaines circonstances, surtout quand il s’agit d’une faute grave. Le secret de la confession est d’une autre nature : c’est la garantie par le droit de l’Église de la confidentialité et de la liberté de la relation du pénitent avec Dieu lui-même – et non pas seulement avec un professionnel de santé morale. Le prêtre n’a pas barre sur cette relation de conscience de la personne qui s’adresse à Dieu dans sa demande de pardon. On ne peut donc pas y toucher. Le prêtre n’est pas le maître dans la relation ; il est le ministre, le serviteur, l’instrument de cette relation très spéciale de l’homme avec Dieu. On est bien au-delà d’une relation purement sociale.
Le secret de la confession est reconnu par le droit français, et ne posait jusqu’ici aucun problème, alors qu’il y a toujours eu des crimes confessés. Sous quel statut juridique cette acceptation se faisait-elle ?
Il y a une jurisprudence qui fait que la République française (comme l’a d’ailleurs souligné Mgr de Moulins-Beaufort dans son communiqué) a toujours respecté le secret de la confession qui touche à la liberté de conscience. L’Église est au service de la conscience. Cela pourrait ne pas être compris dans le monde d’aujourd’hui, surtout avec les scandales qui nous éclaboussent. Pour autant, cela ne veut pas dire que l’on n’aide pas – pour ce qui est de la part humaine du sacrement – le pénitent à parler dans un autre contexte.
Le secret de la confession est donc lié à la liberté de conscience. Il implique un facteur proprement religieux qui n’est pas inhérent aux lois de la République, surtout dans le contexte de la laïcité où l’Église et l’État sont séparés. D’ailleurs, l’article premier de la Constitution garantie non seulement la liberté religieuse, mais aussi la liberté de conscience. Et c’est là que l’on se situe d’un point de vue juridique. Il s’agit de la relation entre le croyant et Dieu, sur laquelle nous, ministres du culte, n’avons pas barre. Nous ne sommes que « ministres », c’est-à-dire au service de cette relation. Le pénitent ne vient pas voir le prêtre comme il irait voir un professionnel qui aurait la possibilité de résoudre tous ses problèmes. Il vient voir le Seigneur lui-même qui est source de guérison intérieure à travers le prêtre. […]