À la demande du cardinal Barbarin, le pape François a décidé d’accorder le titre et la dignité de Basilique Mineure au sanctuaire Saint-Bonaventure. C’est avec grande joie que sera fêté ce titre honorifique le samedi 28 septembre, à la messe de 16h, présidée par Mgr Michel Dubost. Le père Rollin, recteur de Saint-Bonaventure, déclare :
« N’est-ce pas une distinction d’un autre temps ? ». « C’est vrai, en devenant basilique, l’église Saint-Bonaventure n’a pas besoin d’être honorée par un titre qui n’aura de sens que pour un nombre réduit de personnes « éclairées », mais qui ne signifiera rien pour la plupart des gens qui fréquentent ce lieu situé au coeur de la cité. Par contre, si ce passage de sanctuaire à basilique permet aux Lyonnais de redécouvrir un lieu un peu oublié, merci ! Si la figure de saint Bonaventure, est mieux mise en valeur pour nous stimuler sur le chemin de la sainteté, merci ! Si saint Bonaventure, disciple de saint François d’Assise appelé par le Seigneur à « réparer son Église », nous invite à nous mettre à l’écoute de ce que l’Esprit dit aujourd’hui à l’Eglise, merci ! (…) Que ce titre de basilique de Saint-Bonaventure nous donne un nouvel élan pour travailler à construire l’Eglise de notre temps, sans oublier que les ouvriers de l’Evangile travaillent en vain, si ce n’est le Seigneur qui bâtit sa demeure parmi les hommes, au coeur du centre-ville de Lyon ».
L’histoire de l’église, aujourd’hui placée sous le vocable de saint Bonaventure, est intimement liée à celle du couvent dont elle faisait partie, le couvent des Cordeliers. Pour satisfaire les besoins de la communauté des franciscains installés en ce lieu, la construction d’une église de plus grande dimension est décidée par Jacques de Grolée, petit-fils du sénéchal pour pallier l’étroitesse de la première église conventuelle ce qu’avait révélé la foule amassée lors des cérémonies ayant succédé à la mort du cardinal Bonaventure dans la nuit du 14 et 15 juillet 1274, à l’âge d’environ 57 ans.
La nouvelle église est orientée vers le sud, ce qui est rare à l’époque où les églises gothiques sont orientés à l’est pour que l’abside reçoive la lumière du lever du soleil. La construction de l’église prend à peine deux ans : de 1325 à 1327. Elle accueille la dépouille mortelle de Jacques de Grolée, mort le 4 mai 1327, qui est placé sous le maître autel (avant d’être déplacé quelque part du côté de l’épitre en 1599). L’église est consacrée le 18 septembre 1328 par l’archevêque de Lyon, Pierre IV de Savoie, et dédiée à saint François d’Assise.
Contrairement à l’église Saint-Nizier qui accueille le chapitre canonial, l’église des Cordeliers devient le siège des confréries, dont les plus importantes y bâtissent des chapelles. L’église est agrandie de 1471 à 14846. C’est alors qu’elle est placée sous le vocable de saint Bonaventure.
Le chœur est restauré en 1607. L’église sert de grenier à grain après la révolution française avant d’être rendue au culte vers 1806 et de recevoir sa façade actuelle grâce à l’initiative du cardinal Joseph Fesch. Vers 1890, l’église se voit débarrassée des immeubles qui y étaient adossés sur son flanc est ainsi que de la curie qui permet l’élargissement de la rue Grolée sur son flanc ouest.
L’église Saint-Bonaventure est inscrite aux Monuments historiques en 1927.
Sanctuaire urbain depuis 1971, et non église paroissiale, c’est le seul édifice médiéval qui reste en place après les travaux de percée de la rue Impériale (aujourd’hui rue de la République), sous le second Empire.
