Plusieurs blogs, relayé par le vaticaniste Marco Tosatti, rapportent que le Saint-Père pourrait supprimer en début d’année la Commission Ecclesia Dei. Ses fonctions seraient complètement fusionnées et absorbées par la Congrégation pour la Doctrine de la Foi (CDF), à laquelle elle est étroitement liée depuis ses débuts. Depuis juillet 2008, le préfet de la Congrégation pour la Doctrine de la Foi a également été nommé à la tête de la Commission d’Ecclesia Dei. Malgré les liens étroits, l’autonomie structurelle limitée de la Commission s’est révélée bénéfique pour l’intégrité de la messe traditionnelle latine.