Alain Lebeaupin est né le 2 mars 1945 à Paris. Il a été ordonné prêtre le 28 juin 1975 par Mgr Jean Mouisset pour le diocèse de Nice après des études au Séminaire pontifical français de Rome. Il est diplomé en droit : doctorat en droit civil et masters en droit canon et en théologie.
L’abbé Alain Lebeaupin entre dans les services diplomatiques du Saint-Siège en 1979. Il travaille à la mission d’observation du Saint-Siège aux Nations unies à New York (1979 – 1982) puis, à la nonciature apostolique en République dominicaine (1982 – 1985) et à la délégation apostolique au Mozambique (1985 – 1989).
Il est appelé à la secrétairerie d’État et est affecté à la représentation du Saint-Siège auprès de l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE) de 1989 à 1998. Le 27 mars 1996, il est également chargé d’affaires à la nonciature apostolique près l’Union européenne. Le 7 décembre 1988, il est nommé archevêque titulaire de Vico Equense, et nonce apostolique en Équateur. Il reçoit l’ordination épiscopale du pape Jean-Paul II le 6 janvier 1999.
Le 14 janvier 2005, il est transféré à la nonciature apostolique au Kenya et devient également observateur permanent au Programme des Nations unies pour l’environnement (PNUE) ainsi qu’au Programme des Nations unies pour les établissements humains (UN–HABITAT). Il arrive au Kenya le 28 avril 2005.
